陕西苹果生产虽在面积、产量、资源、地理位置和价格竞争上具有优势，但仍存在育种基础薄弱，标准化生产技术体系不成熟，服务体系不完善，采后贮藏保鲜、包装运输及深加工等技术水平不高的弊端，在产业化、组织化和出口等方面尚不具备竞争优势。

    品种结构不合理。品种结构不合理是陕西苹果生产的主要问题之一。先表现为早熟品种、中熟品种和晚熟品种搭配不合理，长期以来形成了“早熟奇缺、中熟不足和晚熟过剩”的品种结构，全省苹果以晚熟的富士系、秦冠居多。一些专家认为，全省苹果的早、中、晚熟比例调整为5∶20∶75较为适宜，而陕西目前晚熟品种仍占82%，中熟品种约占14%，早熟品种仅占4%。其次是鲜食与加工比例不合理。美国有45%的苹果用于加工，日本的比例为25%，而我国加工用果面积则不足10%，鲜食苹果占总面积的90%以上，所占比率明显过大，且加工用苹果品种少。

    品质有待提高。渭北苹果产区长期干旱缺水，土壤瘠薄，冻害和雹灾发生频繁，加之生产基础设施薄弱，严重影响苹果产量、质量和效益提高。随着苹果市场由卖方市场向买方市场转变，对苹果内在品质和外观的要求也越来越高。虽然近年来陕西创新、推广了苹果生产的4项关键技术，使苹果的优果率明显提高到平均40%，高于平均水平，接近中等发达国家水平，但其中达到出口标准的果仅占5％；而美国、新西兰和日本等先进生产国家的优果率高达70%，供出口的果率则在50％左右。其原因主要是标准化生产水平低、果品质量低、均一性差等因素。